試したコードを貼ります。
var inputFile = ファイルパス;
var fileRef = new File(inputFile);
var doc = app.open(fileRef);
//ラスタライズオプションの設定
doc.RasterEffectOptions.convertSpotColors = false; //verCS6
doc.rasterizeOptions.convertSpotColors = false; //CC18
[20303] CC18 (2020/05/15 Fri 16:35)