Google Noto Fontsのサイトに用意されている
「DOWNLOAD ALL FONTS」で入手できる圧縮ファイル内の
フォントをすべてインストールされているからではないでしょうか。
その場合は公開されている全言語のフォントを導入することになり、
フォントメニューにそれだけの数が表示されます。
必要なフォントのみに絞り込んでインストールしましょう。
なお今回の件と直接関係ありませんが、
CS6製品はOS X 10.11では動作保証外なのでご注意ください。
[18540] あさうす (2016/03/28 Mon 12:43)