カラー設定(プロファイル)が、イラレとインデザインとで異なっているということはありませんか?
私のPCにはインデザインが入ってないのでわかりませんが、イラレのファイル設定でのカラープロファイルの相違でもCMYK値は異なる結果になりました。
1.イラレで2つファイルを新規で開き、それぞれ異なるプロファイルを設定する。
たとえば、一方は「Japan Color 2001 Coated」、もう一方は「Japan Color 2001 Newspaper」など。
2.図形などを同じDICカラーで塗ります。
3.それぞれをCMYKに変換 ⇒CMYK値は両者異なる
【こちらの環境】
Mac OS 10.8.5
Illustrator CS6
[17257] しん (2014/10/18 Sat 00:39)