遅レスですが、気になったので検証してみました(Illustrator CCで検証しました)。
Illustratorで見ているときは「オーバープリントプレビュー」になっていないのでは?
オーバープリントプレビューになっていない状態では、書き込まれているようにカラーが変わってしまったように見えますが、オーバープリントプレビューにすると、PDFと同じカラーになります。
まとめたので、ご覧下さい。(検証用データもあり)
http://blog.ddc.co.jp/mt/dtp/archives/20140512/153257.html?utm_source=DTP-temple-BBS&utm_medium=Social&utm_campaign=20140512-dtp-Illustrator-PDF-Color-Change
[16784] 笹川@jdash2000 (2014/05/12 Mon 15:58)