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Re^3: 使用環境追記です
解決策が提示されたので蛇足かと思いますが……
Illustratorの場合はフォントのバウンディングボックスサイズを基準に揃えるようです。
また、バウンディングボックスサイズは同書対でもPro/Pr5/Pr6などの違いによっても差があります。（収容文字の字形との関係）
詳しくは、（拙ブログへの誘導で恐縮ですが）以下（及び頁内リンク先）をご参照ください。
http://d.hatena.ne.jp/works014/20090707
